Pittore e progettista di Anversa, Jan van den Hoecke dipinse nello stile fiammingo, insieme a suo padre e suo fratello. Il padre, Caspar van den Hoecke (1595-1648), si occupò della sua prima formazione, insieme a quella del fratello Robert van den Hoecke (1622-1668). Successivamente entrò nello studio del maestro Peter Paul Rubens (1577-1640).
L'artista e suo padre erano molto noti per aver eseguito, nel 1635, le decorazioni per l'arco dedicato all'imperatore Ferdinando, ad Anversa. Nella sua carriera, Jan dipinse rappresentazioni monumentali, come notiamo dalla sua opera alla Galleria degli Uffizi, Ingresso trionfale del cardinale Infante Ferdinando di Spagna ad Anversa. Dopo il 1637, Hoecke si spostò in Austria, dove lavorò per l'imperatore Ferdinando III (1608-1657), e dove restò per circa dieci anni. Lavorò anche per il fratello dell'imperatore, il duce Leopol William d'Austria (1614-1662), per il quale realizzò, tra gli altri, una Madonna col Bambino, e numerose opere allegoriche. In precedenza era stato in Italia e aveva lavorato a Roma, esperienza che influenzò il suo stile.
Un'altra opera di Hoecke esposta agli Uffizi è Ercole tra il Vizio e la Virtù, che mostra l'influenza di Rubens, ma attraverso un altro alunno del maestro barocco, Anthonis van Dyck (1599-1641). Un altro soggetto religioso, probabilmente dipinto da Hoecke è Il trionfo di David, del 1635, per un periodo erroneamente attribuito a Rubens. L'opera è uno schizzo a olio dallo studio di Rubens ad Anversa, ora al Kimbell Museum. Nel corso della sua carriera, Hoecke realizzò anche nature morte con fiori.
L'artista è stato noto anche come Johannes o Giovanni, e il suo cognome scritto van Hoeck o Vanhoek.