Artista fiorentino, Empoli, nato Jacopo Chimenti, fu un pittore importante per quello che diventò il movimento riformatore del Manierismo italiano. Nacque e si formò a Firenze, per cui fu molto influenzato dai pittori della sua città. Sappiamo che si formò presso Maso da San Friano (1536-1571), anche se è citato come collaboratore di Giorgio Vasari (1511-1574).
Maso viene considerato un esponente del Contro-Manierismo, o proto-Barocco. Altri importanti esponenti di questo stile furono Santi di Tito (1536-1602), che influenzò notevolmente Empoli, e Alessandro Tiarini (1577-1668).
Jacopo da Empoli studiò l'opera di pittori manieristi come Andrea del Sarto (1486-1531), Fra Bartolomeo (1472-1517), Jacopo Pontormo (1494-1557), e soprattutto il Bronzino (1503-1572). A partire da queste iniziali influenze, Empoli portò nel suo lavoro l'influsso dello stile veneziano di pittori come Lodovico Carli, detto Cigoli (1503-1613), esponente del primo periodo Barocco.
Nel 2004, proprio a Empoli, è stata allestita una mostra retrospettiva a lui dedicata, che ha messo in evidenza come, nell'evoluzione del suo stile, "possiamo notare la crescita di una forma, una pennellata più ricca, un'angolazione più ampia nella composizione e nella prospettiva" (www.jacopodaempoli.it). Questo sviluppo si può notare nelle sue opere, anche nel suo Sant'Eligio del 1614, alla Galleria degli Uffizi. Il museo ospita anche un suo lavoro precedente, Il sacrificio di Isacco, degli anni Novanta del Cinquecento. La sua opera si allontana progressivamente dal naturalismo, per virare verso una pittura più sostenuta e accademica, tipica del primo Barocco.
Oltre a numerose opere religiose per le chiese di Firenze, della Toscana e di Venezia, Empoli realizzò anche delle nature morte. Alcune di queste gli furono commissionate dalla famiglia Medici, e furono abbastanza popolari, a dispetto dell'inosservanza dei fiorentini del tempo per questo genere. Furono suoi studenti Felice Ficherelli (1605-1660), toscano, e un artista chiamato Virginio Zaballi. Le sue opere sono esposte in musei sparsi per il mondo, a Parigi, Caen, Vienna, Firenze, e nelle chiese di Pistoia e Venezia, ma anche in alcune collezioni private.