Nato Giovanni di Niccolò Mansueti, questo pittore studiò a Venezia con Gentile Bellini (1429-1507), uno dei componenti della famosa famiglia di pittori. Come il suo maestro, Mansueti dipinse con molta accuratezza e dettagli elaborati. Le sue opere mostrano anche l'influenza di Conegliano (1459-1517) e di un altro alunno di Bellini, Vittore Carpaccio (1460-1526). Come quest'ultimo, Mansueti aveva una notevole capacità nel raffigurare abiti ornamentali e precisi dettagli di interni.
Il suo primo lavoro documentato risale al 1492, e si intitola Rappresentazione simbolica della Crocifissione. Le sue opere per la Scuola Grande di san Giovanni Evangelista, a Venezia, sono un forte esempio del suo stile compositivo elaborato. Fanno parte del ciclo di affreschi Miracoli della Croce, che comprende La miracolosa guarigione della figlia di Benvegnudo da san Polo e Il miracolo della Croce in campo san Lio.
Le sue opere sono esposte nei musei di tutto il mondo, tra cui gli Uffizi, dove troviamo il Cristo fra i Dottori.