Storicamente registrato come Alunno di Domenico, ovvero di Domenico Ghirlandaio (1449-1494), Giovanni era un talentuoso artista della bottega di Ghirlandaio. La fama di Bartolomeo di Giovanni è legata al suo contributo al lavoro del Ghirlandaio per lo Spedale degli Innocenti, un orfanotrofio di Firenze. Il lavoro di Giovanni fu per i pannelli della predella della pala d'altare Adorazione dei Magi. Pare che Giovanni abbia lavorato anche per Sandro Botticelli (1445-1510).
Si è detto che abbia collaborato anche agli affreschi per la Cappella Sistina, commissionati al Ghirlandaio da papa Sisto IV. L'opera del Ghirlandaio si intitola Vocazione dei primi apostoli. Alcuni critici hanno parlato di uno stile unico che distingue il lavoro di Giovanni da quello del Ghirlandaio, definendolo intenso, quasi nello stile dei pittori nordici e dell'artista fiorentino Piero di Cosimo (1462-1522).