Pittore bolognese, Annibale Carracci in famiglia era circondato da artisti, con i quali collaborò. Insieme al cugino Ludovico Carracci (1555-1619) e al fratello Agostino (1557-1602), Annibale contribuì a plasmare uno stile che influì sulla scuola pittorica bolognese.
Come elemento auto-profetizzante da parte della famiglia, venne aperto uno studio nel 1582, l'Accademia degli Incamminati (o Desiderosi), con incamminati a significare una spinta progressiva, verso nuove vie. La famiglia Carracci, e specialmente Annibale, sviluppò uno stile unico, nato dall'influenza dei fiorentini con Raffaello e Andrea del Sarto, ma anche dei pittori veneziani. La loro accademia fu nota come scuola dei Carracci, o a volte scuola degli Eclettici.
Lavorando insieme sotto il nome Carracci, i due fratelli e il cugino dipinsero gli affreschi di Palazzo Fava. Completati tra il 1583 e il 1584, rappresentano la storia mitologica di Giasone. Annibale e Agostino lavorarono insieme anche a Parma, durante una sosta di Annibale, diretto a Venezia. Al ritorno a Bologna, i Carracci si riunirono per dipingere gli affreschi per Palazzo Magnani, nel 1585, e poi in seguito tra il 1593 e il 1594, per gli affreschi di Palazzo Sampieri.
Annibale è stato spesso considerato il più abile tra i Carracci, per il suo stile che lo pone accanto ai grandi maestri. I disegni dettagliati, la delicatezza del colore, l'approccio grazioso l'hanno spesso posto a confronto con Raffaello. Insieme a Lucio Massari (1569-1633), pittore bolognese, realizzò la pala d'altare Madonna col Bambino in trono e i santi Francesco, Matteo e Giovanni Battista. Prima del 1593 dipinse la Resurrezione di Cristo e l'Assunzione per la cappella Bonasoni. Queste opere iniziarono a mostrare il suo stile personale, ma la sua fama si consolidò con il drammatico affresco per Palazzo Farnese a Roma. Il ciclo di affreschi, Gli amori degli Dei (1597-1608) è spesso considerato il più bell'affresco dei suoi tempi e noto come il capolavoro di Annibale.
L'intero studio di Annibale lavorò agli affreschi, compreso suo fratello Agostino. Non sappiamo il perché, ma Agostino lasciò presto il progetto; secondo alcune voci per gelosia o per via del loro rapporto polemico. Annibale dipinse anche notevoli paesaggi, come La fuga in Egitto del 1603, in cui le presenze umane diventano accessori dell'audace paesaggio. Questo stile passò al pupillo di Annibale, Domenico Zampieri (1581-1641), della scuola bolognese, e successivamente ai pittori barocchi, come Claude Lorrain (1600-1682), francese. L'eredità di Annibale Carracci porta con sé l'influenza dei maestri italiani, ma anche un tocco personale. Lavorò a tante opere nel corso della vita, incluse quelle presenti agli Uffizi, Venere, satiro e due Amorini (1592) e Uomo con scimmia. Raggiunse i suoi primi traguardi negli affreschi, ma i suoi quadri ora sono esposti ovunque, nelle gallerie e nei musei di Roma, Firenze, Bologna, Parigi, San Pietroburgo, Madrid, Dresda e Vienna.